Het gemaal Jan Anne Beijerinck is als enige van de drie oorspronkelijke benedengemalen uit 1869 bewaard gebleven. Het gemaal is in 1990 overbodig geworden na de in bedrijfstelling van het nieuwe volautomatische benedengemaal Mr.P.D. Kleij in Nieuwerkerk aan den IJssel.

 De gebouwen van de drie benedengemalen zijn in december 1867 aanbesteed. Het gebruik van stoomkracht, in plaats van windkracht, als aandrijving voor de opvoerwerktuigen was inmiddels vanzelfsprekend. Planopsteller Beijerinck wilde voor de bemaling gebruik maken van ijzeren vijzels in plaats van traditionele houten vijzels. Anderen wilden echter centrifugaalpompen omdat deze een hoger rendement zouden hebben.

Na een langdurige discussie hierover kwam men tot een compromis. De benedengemalen in Kralingen en Nieuwerkerk werden uitgerust met centrifugaalpompen en die in Capelle met vijzels. De gemalen werden in oktober 1869 in gebruik genomen. Ter ere van de planopsteller en strijder voor het installeren van vijzels als opvoerwerktuig, kreeg het vijzelgemaal in Capelle in 1868 al de naam van Ir. Jan Anne Beijerinck.

De vijzels waren echter geen succes en gaven voortdurend problemen. In 1872 en 1873 werden ze dan ook vervangen door traditionele houten vijzels. Beijerinck, die op 26 maart 1874 op 73 jarige leeftijd overleed, heeft dit gelukkig niet meer meegemaakt. De stoommachine die de vijzels aandreef was gefabriceerd door de machinefabriek H. Tilkin, Mention & Cie te Longdoz (Luik).

In 1899 werden de vijzels vervangen door centrifugaalpompen, aangedreven door een nieuwe stoommachine van de firma Ateliers du Midi te Charleroi. Om dit te kunnen installeren moest het gebouw vrijwel tot aan de fundamenten toe worden afgebroken. Het pand werd in gewijzigde vorm maar in dezelfde stijl weer opgebouwd. Het vernieuwde gemaal werd in december 1899 in bedrijf gesteld en had bijna net zo veel capaciteit als de drie oorspronkelijke benedengemalen samen waardoor het gemaal in Kralingen buiten bedrijf kon worden gesteld.

In 1927 kwam een definitief einde aan het stoomtijdperk. Het Beijerinckgemaal kreeg toen twee nieuwe Stork centrifugaalpompen (120m3 per minuut) die elk via tandwielkasten worden aangedreven door elektromotoren (draaistroom, 120 pk, type DMS 11032) van Smit-Slikkerveer. De motoren drijven ook een gelijkstoomdynamo aan (25 V-300 A) en worden bediend door oliebad-schakelaars.

De installatie is nog steeds paraat als noodbemaling en een monument op zich. Bij het gemaal in Nieuwerkerk was men al in 1922 met stoomtractie gestopt. Hier werd een dieselmotor geplaatst voor het aandrijven van de centrifugaalpompen.